Tekiş'in ölümünden sonra yerine oğlu Alâeddin Muhammed geçti. Onun önemli ilk işi, Gûr sultanları Şihâbeddîn (Muizeddîn Muhammed) ve Gıyâseddîn ile mücadele etmek oldu. Taht değişikliğinin yarattığı kargaşadan yararlanan Gûrlular Merv, Tus ve Nîşâbur gibi, büyük gibi şehirleri kolaylıkla ele geçirdiler. Onlar Horasan'ı Hârezmşâhların elinden almak istiyorlardı. Sultan Alâeddin merkezde işleri yoluna koyduktan sonra 1201 yılında Gûrlulara karşı sefere çıktı, Nîşâbûr'u geri aldı, Mevr ve Serahs'ı zabtetti.
Ertesi yıl ise Herat üzerine yürüdü, ancak sultan Şihâbeddîn'in kendisine karşı harekete geçtiğini haber aldığı zaman Hârezm'e çekildi. Şihâbeddîn ise Tûs'a kadar ilerledi. Bu şehirde halkın üzerine tahammül edilemeyecek derecede ağır vergiler koydu ve bu davranış halk arasında kendisine karşı bir nefret uyanmasına sebep oldu. Bu sırada kardeşi Gıyâseddîn'in ölüm haberini alan Şıhâbeddin Herât'a geri döndü.
Diğer taraftan Sultan Alâ ed-Din Muhammed, Gıyâseddîn'in ölümünün sebep olduğu Gûrlular arasındaki taht mücadelesinden yararlanarak Herât'ı zabtetmek istedi ise de, bunda başarılı olamadı, Bâdgîs havalisini yağmaladıktan sonra Merv önüne geldi (1204). Şihâbeddin Gûrî ise büyük bir ordu ile Hârezm yönünde ilerledi (Eylül 1204). Alâeddîn Muhammed sür'atle Hârezm'e dönerek savunma hazırlıklarına başladı. Hârezmşâhların ülkeyi sular altında bırakma taktiği bu kez yararlı olmamış, Gûrlular başkent Gürgenç'i kuşatmışlardı.
Hârezmşâhları bu belâdan ancak Karahanlılardan Sultan Osman'ın ve Karahıtayların kuvvetleri kurtarabildi. Bu kuvvetlerin geldiğini haber alan Gûrlular sür'atle geri çekilmek zorunda kaldılar. Alâeddîn Muhammed çekilen Gûrluları takip etti ve Hezâreb'de onların sağ kolunu mağlûp ederek bir çok esir ve ganimetlerle Gürgenç'e döndü. Karahıtaylar ise takibi sürdürmüşler ve Andhuy yakınlarında Şihâbeddîn'in ordusunu ağır bir yenilgiye uğratmışlardı. Neticede Horasan hâkimiyeti için yapılan bu mücadele Hârezmşâhların üstünlüğü ile neticelenmiş oluyordu. Ancak bu kez kuvvet dengesi Karahıtaylar lehine bozuldu. Bu durum Alâeddîn Muhammed'i korkutmuş olmalı ki, Şihâbeddîn ile yeniden dostluğunu canlandırmağa çalıştı ve iki taraf barış yaptılar.
Şihâbeddîn'in bir Hindistan seferi sonra öldürülmesi (1206), Gûrlular arasında taht mücadelelerinin başlamasına ve birbirine rakîp siyâsî teşekküllerin meydana çıkmasına sebep oldu. Bunların başında Türk kumandanlar ve Gûrlu hanedan mensupları bulunmaktaydı. Gûrlu Devleti'nin parçalanması Hârezmşâhlar ve Karahıtayların işine yaramıştı. Herât valisi Husayn Harmîl, şehri Hârezmşâhlara teslim ederek yerinde kaldı. Alâeddîn Muhammed Belh'i zabtetti ve kendisine teslim olan Tirmiz kalesini Karahanlılardan Sultan Osman'a, dolayısıyla Karahıtaylara devretti. Ancak bu Karahıtayların güneye doğru baskılarını geçici olarak önleyen bir tedbîrdi. Nihayet yeni Gûr sultanı Mahmûd da Sultan Alâeddîn Muhammed'e tâbi olmuştu.
Artık Alâeddin Muhammed için tek bir hedef kalıyordu, o da Karahıtaylar Devleti'nin ortadan kaldırılması idi. Önce Herât'da isyan çıkması, daha sonra Nîşâbûr valisi Kezlik'in ayaklanması onlar üzerine yapılacak seferi geciktirdi. Sultan bu isyanları bastırdıktan sonra 1207 yazında Buhârâ üzerine yürüyerek bu şehri ele geçirdi ve daha sonra Sultan Osman ile Karahıtaylara karşı anlaştı.
Fakat bu anlaşma Karahıtayları harekete geçirdi ve onlar Sultan Alâeddîn Muhammed'i mağlup etmeğe muvaffak oldular ve onun üzerindeki baskılarını artırdılar. Nihayet Sultan Alâeddîn Muhammed Mâverâünnehr seferine çıktı ve Seyhun nehrini geçerek Endican civarında Karahıtayları korkunç bir hezîmete uğrattı (Eylül 1210).
Bu sıralarda Karahıtayların doğu hudutlarında gelecek için tehlikeli olabilecek olaylar meydana geliyordu. Çingiz tarafından Moğolistan'dan çıkarılan Naymanlar'ın reisi Küçlük (Güçlük) Karahıtaylara iltihak etmiş, hükümdarları Gür Hân'a damad olmuş, daha sonra Karahıtayları mağlûp ve Gür Han'ı esir ederek devleti ele geçirmişti (1211). Diğer taraftan önce Hârezmşâh'a damad olan Karahanlılardan Sultan Osman tekrar Karahıtaylara yanaşınca, Alâeddîn Muhammed onu öldürerek Karahanlıların bu kolunu ortadan kaldırdı ve Mâverâünnehr bu suretle kat'î şekilde Hârezmşâhlar Devleti'nin eline geçmiş oldu.
Alâeddîn nüfuz ve kudretini doğuya doğru genişletmek imkânı elde etmişse de, güçlük karşısında pek başarılı olamamıştı. Devletin güneyinde de Gûrlular ile mücadele devam etmekteydi. Nihayet Alâeddîn Muhammed Gazne'ye girdi ve daha sonra Gûrluların önemli bir şehri olan Fîrûzkûh'a da hâkim oldu. Böylece Gûr toprakları da Sultan Alâeddîn'in itaatı altına giriyordu (1215). Daha sonra Kirmân, Sîstân ve Umûn Denizi'ne kadar olan bölgeler de Hârezmşâhlara bağlandı.
Ancak sultanın Bağdad'daki Abbâsî Halîfesi el-Nâsır ile arası iyi değildi. Onu kendi nüfuzu altına almak istemiş, fakat bunda muvaffak olamamıştı. Nihayet hilâfet makamının Hz. Ali çocuklarına âit olduğunu ilân ederek, "Alâ" Tirmizi adında bir seyyidi halîfe tayin etmişti. Daha sonra Bağdad'a gönderdiği ordu, kışın şiddetli geçmesi yüzünden büyük kayıplara uğrayarak geri döndü. Buna rağmen hutbeyi Abbâsî Halîfesi adına okutmadı.
Ancak Semerkant, Herât ve bizzat Hârezm'de hutbe Abbâsî Halîfesi adına okunmaktaydı. Bunda en büyük etken sultanın annesi Terken Hâtûn idi. Sultan annesi ile siyâsî bir nüfuz mücadelesi yapmakta, bu da devletin iç bünyesini sarsmakta idi.
