İstanbul'da, 4 Aralık 1890'da doğdu. Babatarafından onuncu göbekten Köprülü Mehmed Paşa'yla akraba olan Fuad Köprülü'nünannesi ise İslimye eşrafından Arif Hikmet Efendi'nin kızıdır. İlkokulsıralarından başlayarak okumaya ve araştırmaya karşı büyük bir ilgi duyan FuadKöprülü, ortaokulu Ayasofya Merkez Rüştiyesi'nde, liseyi ise Mercan İdadisi'ndeokudu.

İlk yazısı, 1905 yılında, henüz 15 yaşında lisede öğrenciyken "MusavverTerakki"de yayımlandı. Liseyi parlak bir biçimde bitiren Köprülü 1907-1909yıllan arasında o zamanki Mekteb-i Hukuk'a (Hukuk Fakültesi) devam etti. Ancak tutmakistediği yol bakımından bu eğitimin yararlı olamayacağını düşündüğü içinHukuk Fakültesi'ni bitirmeden bıraktı. Liseyi bitirdiği yıllarda Farsça'yı oldukçaiyi, Arapça'yı da okuduğu kitapları anlayacak derecede öğrenmişti. Bu arada Prof.Anjel'dan aldığı özel derslerle Fransızca'sını da ilerletti. 1908 yılında, II.Meşrutiyet'in ilânından sonra çok genç yaşta ülkenin düşünce yaşamına girdi.
1908 Aralık ayında kurulan Türk Demeği ile 1911 Ağustosu'nda faaliyete geçen TürkYurdu Cemiyeti üyeleri arasında bulunan Köprülü Türk Ocağı'nın kültür heyetindede görev aldı. Bu dönemde millî ve vatanî şiirleri, edebiyat, sosyoloji ve tenkityazılan "Mehâsin", "Servet-i Fünûn" dergileriyle "Tanin"gazetesinde sürekli olarak yayımlanmaya başladı. Aynı yıllarda Fransızca'danbirçok çeviri de yaptı.

1910-1913 yıllarıarasında Mercan, Kabataş, Galatasaray ve İstanbul liselerinde Türkçe ve Edebiyathocalığı görevlerinde bulundu. İlk bilimsel yazısı, "Bilgi" dergisinde,"Türk Edebiyatı Tarihinde Usûl" adıyla 1913 yılında yayımlananmakalesidir. Köprülü, bu makalesinde Türk edebiyatı tarihinin Avrupa bilimyöntemleriyle fakat kendi millî bünyemize uygun bir biçimde nasıl inceleneceğinigöstermeye çalışıyor, ileride yapacağı çalışmaların temellerini tespitediyordu. 20 Aralık 1913 tarihinde İstanbul Darülfünûn'u Türk Edebiyatı Tarihimüderrisliğine (profesörlüğüne) atandı. 1914 yılında kurulan Türk BilgiDerneği'nin ve yine 1915 yılında kurulan Asâr-ı İslâmiye ve Milliye TedkikEncümeni'nde genel sekreterlik görevlerini, "Millî Tetebbular Mecmuası"nınmüdürlüğünü üstlendi.

Fuad Köprülü'yeuluslararası alanda ün sağlayan büyük monografisi 1918 yılında yazılıp, 1919yılında yayımlanan "Türk Edebiyatında İlk Mutasavvıflar" adlı yapıtıoldu.
1923 yılında Edebiyat Fakültesi Reisliğine (dekanlığına) seçildi. Paris'tetoplanan Dinler Tarihi Kongresi'ne ülkemiz adına "Bektaşiliğin Menşeleri ve EskiTürklerde Sihri Bir Anane: Yağmur Taşı" tebliği ile katıldı. 1924 yılındaGazi Mustafa Kemal'in isteği ile Maarif Vekâleti Müsteşarlığına getirildi. Sekiz aysüren bu müsteşarlığı sırasında, bu vekâletin teşkilâtında FuadKöprülü'nün teklifiyle köklü değişiklikler yapıldı. Edebiyat Fakültesi'ndekigörevine dönen Köprülü, aynı yıl sonlarında Bakanlar Kurulu kararıyla kurulanTürkiyat Enstitüsü'nün müdürlüğüne getirildi. Hocalık yaşamında aslîgörevine ek olarak İlahiyat Fakültesi'nde Türk Dinî Tarihi (1924), İstanbul MülkiyeMektebi'nde Siyasi Tarih (1923-1929), Sanayi-i Nefise Mektebi'nde Medeniyet Tarihi(1926-1929) dersleri de verdi. 1925 yılında Rus İlimler Akademisi'nin ikiyüzüncüyılını kutlama törenine ülkemiz adına katıldı. W. Barthold, Kraçkovsky veOldenburg gibi Rus bilim adamlarının ortak teklifleriyle Sovyet İlimler Akademisi'ninmuhabir üyeliğine seçildi.

1926 yılında Bakü'dedüzenlenen Türkiyat Kongresi'ne katılan ve burada büyük ilgi gören Köprülü'ye,bir yıl sonra bilime yaptığı hizmetlerden dolayı Heidelberg Üniversitesi (Almanya)tarafından fahrî felsefe doktorluğu unvanı verildi. İstanbul Darülfünûn'u yapılanbir reformla 1933 yılında İstanbul Üniversitesi'ne dönüştürüldüğü sıradaKöprülü de bu reform çalışmalarına katıldı ve yeni kurulan üniversitede Ord.Prof. unvanıyla edebiyat fakültesi dekanlığına getirildi. 1934 yılında SorbonneÜniversitesi'nin (Fransa) daveti üzerine, bu üniversitede Fransızca olarak verdiğiüç konferansla Fransız bilim çevrelerinin dikkatini üzerinde topladı. Ülkemizitemsilen İran'a gönderilerek Firdevsî'nin 1000'inci doğum yılını kutlama töreninekatıldı.

Atatürk'ün bir grup bilim vefikir adamını kendi yakın çevresinde ve TBMM'nin çatısı altında toplamakistemesinin bir sonucu olarak, 1935 yılında yapılan bir ara seçim ile Kars'tanmilletvekili seçildi. Milletvekilliği döneminde İstanbul Üniversitesi'ndeki TürkEdebiyat Tarihi kürsüsüne ek olarak Ankara Dil Tarih ve Coğrafya Fakültesi'nde OrtaZaman Türk Tarihi ve Siyasal Bilgiler Okulu'nda Türk Müesseseler Tarihi kürsülerininde başkanlığını yürüttü. Bilime yaptığı katkılar nedeniyle 1937 yılındaAtina Üniversitesi (Yunanistan), 1939 yılında ise Sorbonne Üniversitesi tarafındanfahrî doktorluk unvanı verildi.