Onbeşinci şüzyılın başlarında, Doğu Türkistan ve eski Uygur bölgesinde,Çağatay Hanedanı hüküm sürüyordu. Bunlar Müslümanlığı benimsemiş veMüslüman olmayan Oyrat ve Kalmuklarla savaşmakta, cihad etmekteydiler.
Çağatayların hükümdarıVeyiz Han,1418-1428 yılları arasında bir yandan iktidarı sürdürüyor, bir yandan dasulama kanalları açarak tarımı geliştirmeye çalışıyordu. Kaşgar, Yarkent veHotan çevresine tamamen hâkimdi.
Veyis Han 1429'da öldü veoğulları Esen Buğa ile Yunus Beğ arasında taht kavgası başladı. Emir DoğlatSeyyid Ali, Esen Buğa'yı destekledi ve Esen Buğa tahta çıkta. Bilgin ve edib olankardeşi Yunus Beğ ise Timuroğulları'ndan Uluğ Beğ' e sığındı.
Yunus Beğ tahttanvazgeçmemişti ve ele geçirmek için fırsat kolluyordu. Esen Buğa 1462'de ölüncearadığı fırsatı buldu ve Timurlu Ebu Said han' ın desteği ile bütün batıÇağatay bölgesini ele geçirdi. Ama Kaşgar, Yarkent ve Hotan civarı, şeklenÇağatay Hanına bağlı olan Türk Doğlat ailesinin elinde kaldı.
Timurlu Ebu Said ölünceoğulları birbiren düştüler. Bu kavgalara Yunus Han da karıştı. 1484'de Taşkent'iTimurlulardan alarak başkentini Tufan'dan buraya nakletti 1486'da ölen Yunus Han'ınyerine oğlu Ahmet han geçti. Oyratlara ve Kalmuklara karşı başarılı seferler yapanAhmed Han, Kaşgar ve Yenihisar'ı ülkesine kattı. Kendisi Aksu ve Turfan'da, yeni EskiUygur bölgesinde hüküm sürüyor, kardeşi Mahmud Han ise Taşkent'te oturuyor,ülkenin batı bölgesini idare ediyordu.
Bu sırada, Mahmud Han'abağlı ve onun hizmetinde bulunan Muhammed Şıbanî Türkistan'da hanlığını ilânetti ve semerkant'a girdi. Bunun üzerine Ahmed Han ve Mahmud Han kardeşler kuveetlerinibirleştirerek Şıbanî'nin üzerine yürüdüler. Fakat önceki bölümde degördüğümüz gibi bu savaşta Şıbanî galip geldi, Ahmed ve Mahmud Han kardeşleriesir aldı. Şıbanî., Taşkent ve Sayram'ı ülkesine kattıktan sonra esir kardeşleriserbest bıraktı.
Ahmed Han 1503'te öldü ve yerine oğlu Mansur geçti. Mansur,Uygur Hanı olaraktanınıyor, Kaşgar, Yarkent ve Hokand'ı kardeşi said Han idare ediyordu. İki kardeşİslâmiyeti yaymak için çaba harcadılar.
Uygur (Turfan) Hanı Mansur1543'te öldükten sonra taht kavgalara başladı ve Çin de bu kargaşalığıkörükledi. Fakat, zayıflayarak da olsa, Turfan Hanlığı veya Sultanlığı uzun zamandevam etti.
Hanlığın Kaşgar kolunahükmeden Said Han'dan sonra, yerine oğlu Abdürreşit geçti (1565). Fakat,Doğlatların, Kırgız-Kazakların saldırılarına uğrayan hanlık gittikçeküçülüyordu ve 16. yüzyılın sonunda Kaşgar'dan ibaret kalmıştı. Bu bölge deMançu sülalesi zamanında (1644-1911) Çin'e bağlandı. Ama ayaklanmalar devam etti.
1866'da Yakub Bey'inbaşlattığı isyan Türkistan'a bağımsızlık kazandırmak amacına yönelikti. YakubBey, "Atalık Gazi"unvanı ile anılır. Çin'e bağımlılığı reddederekkendini Kaşgar Hanı ilan etmişti. Doğudan Çinliler, kuzeyden Ruslar, güneydenİngilizler Doğu Türkistan'ı tehdit ediyordu.
Yakub Han, bu devletlerkendisine her türlü vaadde bulunur, bir yandan da ülkesini işgal etmek için fırsatkollarlarken, asıl bağlanacağı devletin Osmanlı İmparatorluğu olacağınıbiliyordu ve 1870'te elçiler göndererek Sultan Abdülaziz'e bağlılığını bildirdi.
Osmanlılar Kaşgar'a askerî öğretmenler ve bir miktar silâh göndermekten başka biryardım yapamadılar. Çünkü kendi durumları da iyi değildi.
Yakub Han 1877'de öldü vedireniş kırıldı. Çinliler bu tarihte Kaşgar-Turfan (Çağatay) Hanlığı'nıtopraklarına kattılar ve bu bölgeye "Yeni Fethedilmiş Ülke" anlamına gelenSinkiang (Sincan) adını verdiler.
