Osmanlılar'ın İran ve Avusturya ile uzun savaşlara giriştiği 1578-1606 yılları arasında Kırım kuvvetlerine ihtiyacı ziyâdesi ile arttı. Kırım'ın Rus Kazakları'nın hücumlarına açık kalmasına bakılmaksızın, hanların her yıl israr ve tehditler ile sefere çağrılması (İran seferine ilk defa 1578'de kalgay Adil Giray, ertesi sene Mehmed Giray II. iştirak ettiler. Osmanlı serdarlarını hanlara kendi maiyetlerinde bir kumandan muamelesi yapmak istemeleri, Kırım'da ciddî muhalefetlere sebep oluyordu. Bizzat Osmanlı İmparatorluğu bu devirde zayıfladığı için, Kırımlılar bu muhalefeti açık bir isyana kadar götürdüler.
Mehmed Giray II, sadece isyan yoluna sapmakla kalmadı, aynı zamanda Kefe üzerinde hak iddia etti ve şehri kuşattı. Fakat İstanbul'dan gönderilen yeni han İslâm Giray tarafından katlettirildi (1584). Maktûl hanın oğlu Saâdet Giray, Kıpçak bozkırından Nogaylar ile gelerek, İslâm Giray'ı kaçırdı ve Kefe önünde Osmanlı kuvvetleri ile çarpıştı. Nogaylar ve Don Kazakları ile birlikte yaptığı ikinci teşebbüste muvaffak olamadı. Kardeşi Murad Giray Moskova'ya giderek, Kırım'ı istilâ tehdidinde bulundu. Bu Osmanlılar'ı çok endişelendirdi.
İslâm Giray II. nihayet, müessir Osmanlı yardımı ile, tahtında yerleşebilmiştir. O, ilk defa olarak hutbede padişahın adını da okutmağa başlamıştır, (fakat para daima Giraylar adına basılmıştır.). İstanbul Bora Gazi Giray şahsında sadık bir müttefik buldu. O yalnız Macaristan'da Habsburglar'a karşı imparatorluğu müdafaa etmekle kalmadı, İstanbul kendisinden Anadolu'da Celâlilere karşı da yardım istedi. Onun zamanında Kırım'da Osmanlı nüfuzu her sahada kuvvetlenmiştir.
Osmanlı İmparatorluğu'nun iç kargaşalıklardan kurtulamadığı XVII. asrın ilk yarısında, her tarafta olduğu gibi, Kırım'da da İstanbul'un nüfuz ve otoritesi ciddî bir imtihan geçirmiştir. Canbek Giray padişaha mutî bir han olarak 1610 ve 1635 arasında üç defa hanlığa getirildi ve dâima Mehmed Giray ve Şahin Giray'ın taarruzlarına uğradı. Bu ikisi Kıpçak bozkırındaki Nogaylar'ın ve Rus Kazakları'nın işbirliği ile hanlığı zorla ele geçirdikten sonra, babaları rakip han Saâdet Giray ve dedeleri âsî han Mehmed Giray II. gibi bağımsız harekete kalkmışlar, imparatorluğun düşmanı Şah Abbas ile dostça münâsebetlere girmişler, 1610'da Osmanlı kuvvetlerini ve İstanbul'un gönderdiği hanı mağlûp ederek, Kefe'yi zapta muvaffak olmuşlardır.
Bu kargaşalık esnasında şimalde Rus Kazakları kuvvetlenerek Osmanlı ve Kırım topraklarına cüretli taarruzlara başladılar. 1654'te Sinop'u yaktılar, 1612'de Ahyoli'yi ve 1625'de İstanbul boğazında Yeniköy'ü yağmaladılar. Nihayet 1637'de Azak kalesini zapta, Osmanlı ve Kırım kuvvetlerinin taarruzlarına rağmen, 5 sene ellerinde tutmağa muvaffak oldular. XVII. asır boyunca Rus Kazakları meselesi yalnız Kırım için değil, Osmanlı imparatorluğu için de belli başlı bir mesele halini almıştır.
III. İslâm Giray devri (1644-1654) Kırım Hanlığı'nın Osmanlılar ile sıkı işbirliği halinde şimaldeki düşmanlarına karşı hareket geçtiği bir devirdir. O 1644-1647 yıllarında Rusya'ya ve Kazakları'na karşı dört büyük sefer yaptı. Zaporog Kazakları'nı Lehistan'dan ayırarak, kendi tarafına çekmesi en büyük muvaffakiyetini teşkil etmiştir. Bu sayede o 1648-1653 yılları arasında Lehistan'a çok muvaffakiyetli seferler yaptı. Bu memlekete karşı İsveç ile siyasî münasebetler kurdu. Fakat o Lehistan ile sulh imzalayınca, Kazaklar Rusya'ya yanaştılar (1654).
