İlhanlı hakimiyetinin iç kavgalar sonunda yıkılmaya yüz tuttuğu sırada Karakoyunlular'ın Akkoyunlular ile birlikte tarih sahnesine çıktıklarını görüyoruz. İlhanlılar zamanında Doğu Anadolu, birisi merkezi Ahlat olmak üzere Van bölgesi eyâleti, diğeri merkezi Musul olmak üzere Diyarbakır, Mardin Musul bölgelerini kapsayan iki askerî bölgeye ayrılmıştı. Diyarbakır valisi Sutay (Ölm. 1332)'ın oğlu Hacı-Tugay ile diğer oğlu Barımbay'dan olan torunu İbrahim-şâh, Sutay zamanında Musul'dan Erzurum'a kadar genişlemiş olan eyâleti ele geçirmek için birbirleriyle mücadeleye başladıklarında Karakoyunlular Hacı-Tugay'ı, Akkoyunlular İbrahim-şâh'ı desteklemişlerdir.
Bu taht kavgasını Hacı-Tugay kaybetmiş ve 1343 yılında yeğeni tarafından öldürülmüştür. Bu mücadele sonunda Karakoyunlular, Musul, Van Gölü çevresi ve Erzurum'a, Akkoyunlular ise Diyarbakır çevresine hâkim olmuşlardır.
İbrahim-şâh'ın 1350 yılındaki ölümü ve yerine geçen yeğeni, Hacı-Tugay'ın oğlu Pîr Muhammed'in bir Türkmen emiri olan Hüseyin bey tarafından öldürülmesi ile bölgedeki Moğol hakimiyeti sona erdi. Bu tarihten itibaren başlayan Türkmen hakimiyeti, Hüseyin Bey'in 1351 tarihinde Karakoyunlu Bayram Hoca tarafından öldürülmesiyle Karakoyunlu oymağı çevresinde şekillenmeye başladı.
Türkmenler üzerinde Karakoyunlu oymağının hakimiyetini kuran Bayram Hoca'dan 1365 tarihine kadar kaynaklarda bilgi bulunmamaktadır. Ancak bu tarihlerde Türkmenler'in Doğu ve Güneydoğu Anadolu, Musul ve çevresine tamamen hâkim oldukları daha sonraki olaylardan anlaşılmaktadır. Doğu ve Güneydoğu Anadolu ile Azerbaycan'ın Türkmenleşmesi'nde büyük rol oynayan Karakoyunlular, aynı zamanda yaptıkları başarılı mücadeleleri ile de tarihe geçmişlerdir. Denilebilir ki, büyük bir cihangir olan Timur'a karşı böyle bir mukavemet gösteren başka bir topluluk çıkmamıştır.
1365-1469 yılları arasında bir hakanlık haline gelen Karakoyunlular'ın belli başlı hükümdârları şunlardır:
1. Bayram Hoca (1365-1380?)
2. Kara Mehmed Bey Durmuş (1380-1389 Nisanı)
Bayram Hoca'nın oğlu veya kardeşinin oğlu olduğu konusunda bilgiler vardır. Kesinlik kazanmamıştır.
3. Kara Yusuf Bey Bahadır (Nisan 1389-13/11/1420). Kara Mehmed oğlu.
4. İskender Bey (13/11/1420-1/4/1437). Kara Yusuf oğlu.
5. Sultan Muzafferüddin Cihân Şâh (1/4/1437-11/11/1467). Kara Yusuf oğlu.
6. Sultan Hasan Ali (11/11/1467-1469 Nisanı). Cihan-şâh oğlu.
Kara-Koyunlu devletinin asıl kurucusu olan Kara-Yusuf, hiç şüphesiz bu hanedanın en büyük hükümdarı idi. Yusuf aynı zamanda Türk tarihinin de dikkate değer simalarından birisidir. Uzun boylu ve iri yapılı bir kimse olup son derece şeci, kudretli, faal ve irade sahibi bir kimse idi. Aynı zamanda dirayetli, tedbirli, mert ve cömert bir şahsiyete sahipti. Kaynaklar onun adâlete büyük değer verdiğini, ülkesinde nizam ve asayişi sağladığını ve ziraatin gelişmesine gayret sarfettiğini kaydederler.
Kara-Yusuf'un vefatı üzerine Timurlu hükümdarı Şahruh'un, Kara-Koyunlular tarafından boşaltılan Azerbaycan'a girmiş ve daha sonra kışı geçirmek üzere Karabağ'a çekilmiştir. Bu sırada Kara-Yusuf'un oğullarından İspend, Sa'dlu kabilesi tarafından hüküdar ilân edildi. Erzincan'da bulunan diğer oğlu Ebû Sa'îd, halk tarafından şehirden çıkarılarak yerine Mutahharten'in torunu Yâr Ali geçirildi. Cihan-şâh da Bağdad'a Şah Mehmed'in yanına gitti. İskender'e gelince, Mardin'e hücum eden Ak-Koyunlu ordusunu mağlûp etti (1421).
Kara-yülük Osman'ın yenildiği haberini alan Şahruh, kalabalık bir ordu ile Aras'ı geçip bazı kaleleri zabtetti. Eleşkird havalisinde Yahşi mevkiinde mevzi alarak beklemekte olan İskender ve İspend'in birlikleriyle karşılaştı. İki gün bütün şiddetiyle devam eden savaşta (28-29 Temmuz 1421), Kara-Koyunlular, bütün kahramanlıklarına rağmen kendilerinden birkaç kat büyük olan Şahruh'un ordusu karşısında mağlûp olmaktan kurtulamadılar.
İskender ve İspend, savaştan sonra Musul ve Mardin arasındaki eski kışlaklarına çekildiler. Şahruh bu başarısına rağmen Arezbaycan'ı eski sahiplerine bırakarak Horasan'a dönünce İspend Tebriz'i ele geçirdi. Bu sırada Kerkük'te bulanan İskender süratle Tebriz'e gelerek şehri onun elinden aldı ve Azerbaycan'da hâkimiyetini kurdu.
1436 kışını Karabağ'da geçiren Timurlu hükümdarı Şahruh'un, ilkbaharda Ucan'a geldi ve burada Cihan-şâh'a Azerbaycan ve Erran ülkelerinin hükümdarlığını vererek Horasan'a döndü. Şahruh'un döndüğünü haber alan İskender Tebriz'e geldi ve kısa süre sonra şehrin kuzeyindeki Sûfiyân mevkiinde Cihân-şâh ile karşılaştı. Ancak emîrlerinden bazılarının ihaneti sebebiyle mağlûp olarak Alıncak kalesine sığında.
Cihânşâh kaleyi kuşattı; kuşatma devam ederken İskender oğlu Şah Kubad tarafından öldürüldü (21 Nisan 1438). Şah Kubad da hile ile kaleden çıkarılarak idam edildi. 17 yıl Karakoyunlu devletini idare etmiş olan İskender son derece cesur bir kimse idi. Kuvvetli ordulara sahip ve büyük bir imparatorluğun başında bulunan Şahruh'a karşı mücadeleleri onun bu cephesini açıkça ortaya koymaktadır. İskender, babasından devraldığı devleti geliştirememiş ve onun sarsılma ve zayıflamasına sebep olmuştur.
İskender'in öldürülmesinden sonra Kara Yusuf'un oğullarından Cihân-şâh, Irak dışında bütün Kara Koyunlu ülkelerinin yegâne hâkimi olmuştur. Tahta geçtiğinin ertesi yıl Gürcistan üzerine büyük bir sefer yapan Cihân Şâh Tiflis'i ele geçirdikten sonra Tebriz'e dönmüştür. Gürcistan'a karşı ikinci sefer 1444'de yapılmıştır. 1445 yılında, on iki yıldan beri Bağdad ve çevresine hâkim olan İspend vefat etmiş ve oğlu Fulad çok küçük olması sebebiyle yerine yeğeni Elvend'i vasiyet etmişti.
Fakat emîrlerin çoğunluğu Fulad'ı tercih ettiler. Cihân Şâh buna muhalif kalarak, kendisine sığınan bazı emîrlerin de teşviki ile Bağdad'a karşı bir sefer yapmağa karar verdi. yedi aylık çetin bir kuşatmadan sonra Bağdad, Haziran 1446'da zabtedildi. Timurlu hükümdarı Şahruh'un 1447 yılında ölümü üzerine tamamiyle müstakil bir hükümdür olan Cihan Şâh, sultan ve hakan unvanlarını kullanmaya başladı; aynı zamanda Timurlu imparatorluğunda şehzadeler arasındaki mücadelelerden faydalanarak Sultaniye ve Kazvîn şehirlerini zabtetti.
Cihan Şâh bundan sonra eskiden beri Kara-Koyunluların amansız düşmanı olan Akkoyunlular ile mücadeleye girişti. 1452 yılına kadar devam eden bu mücadeleler iki tarafında ağır kayıplar vermesine sebep olmuştur.
Cihan Şâh, kendisine tabi olan Akkoyunlu beyi Uzun Hasan'ı ezmek ve böylece ulusunun eskiden beri düşmanı bulunan Akkoyunlulara büyük bir darbe vurmak istiyordu.
16 Mayıs 1466 tarihinde büyük bir ordu ile Tebriz'den hareket ederek Van gölü havzasına geldi. Burada iken Uzun Hasan Bey'in on iki bin atlı ile akına çıktığını öğrendi ve buna çok hiddetlendi. Diğer taraftan Cihan Şâh'ın öteden beri kendi aleyhine sefer yapmak niyetinde olduğundan şüphelenen Uzun Hasan dağlardaki geçit ve yolları tutmuştu. Aralarında elçilerin teati edilmesine rağmen Cihan-şâh'ın ağır şartlar ileri sürmesi sebebiyle bir neticeye varılamadı. Muş ovasında karargah kuran Cihan Şâh, mevsimin ilerlemesine rağmen bir türlü kesin hücuma karar veremiyordu.
Nihayet ordusunu şikayeti üzerine kışlağa çekilmeye karar verdi. Birlikleri Âdilcevâz, Erciş, Van ve Aras kışlağına dağıldılar. Kendisi de Pasinler'e gitmek için hareket etti. Yolda konaklama sırasında 11 Kasım 1467 tarihinde Uzun Hasan, ani bir baskınla, Cihan-şâh'ın maiyetindeki az sayıda kuvveti perişan etti.
Cihan Şâh kaçarken yolda öldürüldü. Cihan Şâh zamanında Karakoyunlu devleti en geniş sınırlarına ulaşmıştı. Azerbaycan, Erran, Irak-ı Arab, Irak-ı Acem, Fars, Kirman ve Doğu Anadolu hâkimiyet altına alınmış ve çevredeki devletler tâbi hâline getirilmişti. Devrinin en büyük hüküdarlarından biri olan Cihan Şâh sert ve cesur bir kimse idi. İçki ve eğlenceye düşkündü. Onun ölümüyle parlak devir sona ermiş ve kısa süre sonra da Karakoyunlu devleti yıkılmıştı.
Son Karakoyunlu hükümdarı olan Hasan Ali aklen malûl ve haris bir kimse idi. Onun ölümünden sonra Cihan Şâh'ın, Uzun Hasan tarafından gözlerine mil çekilmiş olduğu oğlu Ebû Yusuf, Fars'ta tutunmak istedi ise de Akkoyunlu şehzadesi Uğurlu Mehmed'in eline düştü. Böylece Akkoyunlular, ananevî düşmanları Karakoyunluların hâkimiyetlerine son vererek onların ülkelerine sahip oluyorlardı.
Karakoyunlular'dan günümüze çok az bir eser kalmıştır. Bunun başlıca sebebi, Karakoyunlular çağının Türkmenleri'n bir yerleşme dönemi mahiyetinde oluşudur. Bir yandan Timur-oğulları ile yapılan mücadelede, diğer yandan Memlûklu Sultanlığı ile devam eden anlaşmazlıklara ilâveten Akkoyunlu Türkmenleri'nin düşmanlığı Karakoyunlu hükümdârlarının mimarî faaliyetlerini önlemiş görünmektedir. Ancak Karakoyunlular'ın büyük hükümdârı Cihân Şâh (1437-1467) devrinden bazı eserler günümüze kadar gelmiştir. Taht merkezi olan Tebriz'de Cihân Şâh adına yaptırılan Gökmedrese ve Muzafferiyye medresesi ilk akla gelen önemli Karakoyunlu eseridir.
