Bir boylar Konfederasyonu olan Karakoyunlu devletine, Karakoyunlu kabilesi etrafında toplanan bazı Türkmen toplulukları siyasî bir hüviyet kazandırmışlardır.

    Önemlerine göre bu Türkmen toplulukları şunlardır:

1. Karakoyunlu Kabilesi: Karakoyunlu hânedânının çıktığı kabiledir.

2. Sa'dlu Kabilesi:Karakoyunlular'ın en önemli kabilelerinden birisiydi. Karakoyunlu hânedânı ile akraba idi. Güney Kafkasya'da Sürmeli Çukuru, Erîvan ve Nahçıvan bölgesinde yaşamakta idiler.

3. Duharlı Kabilesi: Erzurum ve Bayburt bölgesinde oturan bu kabile Osmanlı kaynaklarında Tokarlu olarak bilinmektedir.

4. Karamanlu Kabilesi:Bu kabile adını Karakoyunlu hükümdârı Kara-Yusuf'un emirlerinden olan Emir Karaman'dan almıştır. Gence ve Berdaa bölgesinde yurt tutmuşlardı. Karakoyunlular'ın yıkılmasından sonra Akkoyunlular'a cephe almışlar ve Safevî hanedânının ortaya çıkmasında büyük rol oynamışlardır. Safevî Hükümdarı Şâh Abbas zamanında yedi kızılbaş teşekkülünden biri olan Ustacalu boyuna Çakırlu bağlanmışlardır. Bugün Kuzey Azerbaycan'daki Gence ve Berdaa bölgelerindeki Karaman ve Karamanlu şeklindeki yer adları bu kabilenin hatıralarıdır.

5. Çakırlu (Çekirlü): Erdebil bölgesinde yurt tutmuş olan bu kabileyi Faruk Sümer Kürt menşeli göstermiş olmasına rağmen, Z. Velidî Togan'ın belirttiği üzere Kıpçak Türkleri'ndendir. Kıpçaklar, Gürcüler'in müttefiki sıfatıyla Kafkaya'ya girmişler ve Tebriz çevresine yerleşmişlerdi. Daha sonra İslâmiyeti kabul eden Kıpçak Türkleri Şems'üd-din İl-deniz hükümdârlığında Azerbaycan'da bir atabeylik vücuda getirmişlerdi. Kengerlü, Karabörk, Karapapah, Becenek, Koman, Komanlu, Çoruk, Çakır ve Çakırlu kabileleri işte bu Kıpçak Türkleri'nin bakiyeleriydiler.

6. Baharlu Kabilesi: Karakoyunlular'ın ikinci derecede önemli kabilesiydi. Karakoyunlu kabilesi ile doğrudan akrabaydılar. Hemedân bölgesinde yurt tutmuş olan Baharlu kabilesi, Akkoyunlu hakimiyetinden sonra doğuya çekilmiştir. Baharlu reislerinden Ali Şeker Bey'in ahfadından Bayram Han, Ekber Şah (1556-1605)'in yakın adamlarından idi. Ayrıca Dekken (Dahkân)'da Kutbşâhîler devletinin kurucusu olan Sultan Kulu (veya Kuli) de Karakoyunlular'dandı. Baharlu oymağından bir grup bugün Kazvin'i batısındaki Hamse vilâyetinde yaşamaktadır.

7. Alpağut Kabilesi: Karakoyunlu oymaklarından birisi olup, Kara-Yusuf zamanında Hemedân bölgesi Alpağut Türkmenleri'nin elindeydi. Safavîler devrinde Azerbaycan'da Berdaa bölgesinde, Sa'd Çukuru ve Şirvan taraflarına yerleşmişlerdir.

8. Âyinlü Kabilesi: Doğu Anadolu'da varlığı bilinen bu aşiretin nerede yurt tuttuğu kesin olarak tespit edilememiştir. Faruk Sümer'e göre Kürt asıllıdır. 9. Ağaçeri Kabilesi: Kafkasya üzerinden Anadolu'ya vuku bulan Türk göçlerinden ikincisi Avrupa Hunları'na bağlı olan Ağaçeriler'in eseridir. Sasanî kaynakları bunlara Ak-katlan, Bizanslılar ise Akatzir adını vermektedirler. Azerbaycan'a yerleşen Ağaçeriler'in bir kısmı 1180-1412 yılları arasında Halep ve Şam taraflarına göç etmişlerdir. Karakoyunlular'a bağlı Ağaçeriler'den bir grup ise XIII. yüzyıldan itibaren Maraş bölgesinde yaşamaktaydılar. Karakoyunlu devletinin kurucusu Kara Mehmed'in kızkardeşi Tatar Hatun bu Maraş Ağaçeri Türkleri'nin reisi ile evlendirilmişti. Bugün İran'da Kuh-gilûye'de varlıklarını devam ettiren Ağaçeriler'in Karakoyunlular'a bağlı bu Ağaçeriler'in ahfadı olmaları kuvvetle muhtemeldir. 10. Hacılu Kabilesi: Döğer Türkmen topluluklarındandır. Kerkük-Erbil bölgesinde yurt tutmuşlardı. 11. Döğer Kabilesi: Karakoyunlu siyasî faaliyetlerinde rol oynamış olmakla beraber Suriye'de ayrı bir teşekkül olarak kalmışlardı. 12. Avşar Kabilesi: Karakoyunlu Türkmen boyları arasında Avşar Türkleri'ne de rastlanmaktadır. 13. Bayramlu Kabilesi: Hoy Beyi BAYRAM Bey'in reisliğinde bulunduğu Türkmen topluluğudur. 14. Diğerleri: Süleymanî, Zırkî, Mahmudî vb. gib Dağlı Türk/(Kürt Türkleri) topluluklarıdır.