Ruslar 1554'de Astrahan Hanlığı'nı topraklarına kattıkları zaman, hanedan mensubuYar Muhammed Han, kaçıp Buhara'ya gelmişti. Yar Muhammed'in oğlu Can, Buhara hâkimiolan Şîbanoğullarından İskender'in kızı ile evlendi. Bu evlilikten doğan BakîMuhammed, Özbek Hanlığı Safevîlere yenilip ortadan kalkınca, 1599'da, kendini BuharaHanı ilân etti.
Böylece kurulan Buhara Hanlığı 185 yıl kadar bağımsız bir devlet olarakvarlığını korudu.

       Büyük merkezlerdenFergana 1700'e Belh ise 1740'a kadar Buhara hanlığı'na bağlı kaldılar.Bu sıradaİran tahtına, Oğuzların Avşar boyundan olan Nadir Şah geçmişti. Bu şah, 1740'taMaveraünnehir'e girdi. O dönemde Buhara Hanı olan Ebül Faiz, İran'ın hâkimiyetinitanımak zorunda kaldı ve Belh'ten çekildi.Buhara Hanlığı fetihler peşinde koşanbir politika takip etmedi. Sadece varlığını korumaya çalıştı.

       Buhara Hanlığı'nınson hükümdarı Ebül Gazi zamanında, 1758-1785 yılları arasında, ülke, Moğolasıllı ama Türkleşmiş Mangıt'lara geçti. Maveraünnehir, Türkmenistan, Horasan'ınbir kısmı ve Güney Türkistan'a hâkim olan Mangıtların başbuğu Miranşah Murad,Buhara hanlık tahtını işgal etti. Böylece Buhara Hanlığı'nda hanedan değişmişoluyordu.

       Mangıtlar zamanındadevletin sınırları daralmaya başladı ve giderek Buhara-Semerkant bölgesinden ibaretkaldı. 19. yüzyıl sonlarına doğru Türkistan içlerine gittikçe yayılan Ruslar,Mangıtlara ait toprakları da işgal ettiler. Komünist ihtilâlinden sonra Buhara daöteki Türk illeri gibi Rus topraklarına katıldı. Buhara ve Semerkant, ÖzbekistanCumhuriyeti sınırları içine alındı.

       Buhara, İslâmhâkimiyetinin ilk çağlarında dünyanın sayılı büyük şehirlerinden ve kültürmerkezlerinden biri idi. Burada pek çok bilim adamı ve edib yetişmiştir. Bilimadamlarının en büyüğü ve en meşhuru Hâdis bilgini Ebû-Abdullah MuhammedBuharî'dir.