Babasının ölümü üzerine tahta çıkan Humayun 26 yıl saltanat sürdü Fakatsaltanatının ilk yıllarında tahtına göz dikenlerle ve babasının yendiğidüşmanlarla mücadele etmek zorunda kaldı. Altı erkek kardeşi vardı. Onlara veöteki akrabalarına geniş araziler ve başka tavizler vererek tahtını korudu.

        Öte yandan,Ludî hükümdarı Mahmud Ludi, Afgan emirleri ve bazı racalar ile birleşerek Humayun'akarşı harekete geçti. Gucerat hükümdarını da hareket için tahrik etti. FakatHumayun Şah ikisini de yendi. Ancak çok geçmeden kardeşler arasında da kavgaçıktı. Gucercat valisi olan kardeşi Askerî, başkent Arga üzerine yürüdü. Sonundabarıştılar ama kardeşler arasında birlik yine sağlanamadı.Bu sırada, Ludîlerinyerine Sur Devleti'in kurmaya çalışan Şir-Han, bir gece Agra'ya baskın yaptı veHümayun Şah, kardeşlerinden de yardım görmeyince Şah Tahmasb'a (Safevilere)sığındı.

       Şir-Han Safevîleriortadan kaldırmak için Osmanlılarla anlaşınca Şah Tahmasb da Humayun Şah'ı kendiordusu ile destekleyerek onun üzerine, yani Hindistan'a gönderdi. Bu Hümayun Şah içiniyi bir fırsat oldu. Artan ve toparlanan kuvvetleriyle Kabil, Kandehar ve Bedahşan'ıgeri aldı. Babası Babür gibi o da Kabil'i üs yaparak yeniden fetihlere başladı.1555'te büyük Afgan ordusunu yenerek Delhi'ye girdi. Kardeşleriyle anlaştı ve yenidenİmparatorluğa hakim oldu.

       Hümayun ŞahTahmesb'dan yardım görse de Şiiliğe itibar etmedi ve Safevîleri kendi devletiningeleceğini tehdit eden bir tehlike olarak gördü. Onun için Osmanlı Padişahı KanuniSultan Süleyman'a "Padişah Baba" diye hitap eder mektuplar yazdı. Doğununkendisine bırakılması halinde Safevî tehlikesini birlikte yok edebileceklerinibildirdi.
Humayun Şah, babası Babür Şah kadar iyi bir kumandan ve idaresi değildi. Sık sıkayaklanmalar oluyordu. Ama yine de imparatorluğu koruyabilmişti.

       1556'dakütüphanesinin yüksek raflarından kitap almaya çalışırken merdivenden düştü veağır yaralandı. 28 şubat 1556 günü öldü. Ölmeden önce, o sırada misafiri olanOsmanlı Derya Kaptanı Seydi Ali Reis'in de tavsiyesi ile Bedahşah'da ayaklanan Afganbirlikleriyle çarpışmakta olan oğlu Ekber'e bir name göndererek onu veliaht tayinetmişti. Yine Seydi Ali Reis'in tavsiyesiyle, Ekber'in şavaşı bitirip dönüşünekadar ölümü gizli tutuldu. Bir ay kadar sonra, ayaklanmayı bastıran Ekber geldi vetahta çıkarıldı.Ekber henüz 14 yaşındaydı ama sadık kumandanları ve kudretliatabeyi Bayram Han sayesinde başarılı olmuştu.
Humayun Şah da babası kadar kudretli olmamakla beraber divan sahibi iyi bir şairdi.Delhi'de güzel bir türbesi vardır.