Mondros Ateşkes Antlaşması sonrasındaki işgal vekışkırtmalar, gayrimüslim azınlıkların evvelce gizli olarak kurduklarıcemiyetlerin ayrılıkçı faaliyetlerini yoğunlaştırmalarına ve bu arada aynıamaçla yeni cemiyetler kurmalarına zemin hazırladı. Özellikle Yunanistan,Türkiye'nin içinde bulunduğu durumu tarihsel hedefi olan Megali İdea'yı (Büyükİdeal) gerçekleştirmek için fırsat olarak gördüğünden bu faaliyetleri örgütlemeve yönlendirme görevini üstlenmişti.Rum azınlığın kurduğu cemiyetlerin enönemlisi Mavri Mira Cemiyeti idi İstanbul Rum Patrikhanesinde Patrik Vekili Droteos'unbaşkanlığında kurulan bu cemiyet, doğrudan Yunan başbakanı Venizelos'tan direktifalmaktaydı. Büyük bir maddî güce sahip olan cemiyetin elindeki altın miktarı ogünkü Yunan hükümetinin sahip olduğu altın miktarından daha fazlaydı.
Mavri Mira Cemiyeti Megali İdea'nıngerçekleşmesini sağlamak için gerekli faaliyetleri yürütmek için kurulmuştu.Cemiyet bu amaçla Osmanlı vilayetleri dahilinde çeteler kurmayı ve yönetmeyi, mitingve diğer propaganda faaliyetlerinde bulunmayı üstlenmişti. Yunan Kızılhaçı ileresmi muhacirin komisyonu da bu cemiyete bağlıydı. İstanbul Patrikhanesi ve YunanKonsolosluğu silah ve cephane deposu haline getirilmiş, kiliseler ibadet yerinden çokaskeri ambarlar şekline dönüştürülmüştü. Ermeni Patriği Zaven Efendi'yi desatın alan Mavri Mira Cemiyeti Rum okullarındaki izci örgütlerini de yönetmekteydi.
Pontus Rum Cemiyeti, ilkdefa 1904 yılında Merzifon Amerikan Koleji'nde gizli olarak kurulmuştu. 1908 yılındaSamsun'da Müdafaa-i Meşrute, daha sonra Mukaddes Anadolu Rum cemiyetlerininkurulmasıyla Pontus teşkilatı genişletilmiş, Batum'dan İnebolu'ya kadar olanbölgede bir çok şube açılmıştı. Pontus Rum Cemiyeti 1909 yılında atina'dakiKüçük Asya (Asya-yı Suğra) Cemiyeti'nin emri altına girmiş, ertesi yıl Pontusadlı bir risale yayınlayarak çalışamalarını daha da yoğunlaştırmıştı. BirinciDünya Savaşı sırasında Rus işgal döneminin himaye ettiği bu faaliyetler ateşkessonrasında bu kez Yunanistan'ın güdümünde yeniden hız kazanmıştı. Cemiyetinamacı Batum'dan Sinop'a kadar uzanan Karadeniz sahillerinde başkenti Trabzon veya Samsunolan bir Karadeniz Rum Cumhuriyeti kurmaktı. Bu amaçla İstanbul'da Pontus adıyla birgazete çıkarmaya başlamış, Orta ve Doğu Karadeniz bölgesinde Rum azınlığınyaşadığı yörelerde silahlı çeteler oluşturmuştu.
Diğer taraftan aynı amaçdoğrultusunda siyasî faaliyetlerde bulunmak üzere Avrupa'ya heyetler göndermekteydi.Pontusçu Rumlar bir taraftan da Ermenilerle asıl sahiplerini unutmuş göründükleriTrabzon'u paylaşamamak yüzünden rekabet halinde bulunuyorlardı. Bu cemiyetin içyüzü 16 Şubat 1921'de Merzifon Amerikan Koleji'ne yapılan ani bir baskın sonucundaortaya çıkarıldı. Ayrıca kolejin Amerikalı yönetiminin ele geçen evrakında,İslam ve Osmanlı devleti Hristiyanlığın en büyük engeli ve düşmanı olarakgösterilmekte, Rum ve Ermeni çocuklarını din ve devlet düşmanı olarak eğitirkenamaçları anlaşılmasın diye bir kaç müslüman çocuğa yaptıkları yardımıbüyük günah saydıkları ve bunun için Hazreti İsa'dan af diledikleribelirtilmekteydi.
Rum azınlık tarafındankurulmuş diğer bir cemiyet İstanbul'da Galata'da Minevra Hanı'nda Rum MuhacirleriMerkez Komisyonu açık adıyla faaliyet gösteren, gerçekte Etnik-i Eterya'nın koluolarak çalışan Kordos cemiyetiydi. Cemiyet, orta ve doğu Karadeniz bölgesinde Rumnüfusu artırmak için göçmenler ve bu arada göçmen adı altında silahlı Pontusçetelerini yönetecek Yunanlı subay ve ajanlar göndermekteydi.
